Né en 1968 à Nancy, Christian Ott grandit à Stiring-Wendel en Moselle. Il débute ses études musicales au conservatoire de Forbach auprès de François Ménissier, son professeur d'orgue. Après l'obtention de son baccalauréat, il poursuit sa formation au conservatoire de Strasbourg dans les classes d'André Stricker et Aline Zylberajch, où il obtient des médailles d'or à l'unanimité en orgue et en clavecin. Il se perfectionne ensuite auprès du célèbre claveciniste canadien Kenneth Gilbert.

Christian Ott intègre le Conservatoire national supérieur de musique de Paris, où il décroche des premiers prix à l'unanimité en orgue, clavecin et basse continue dans les classes de Michel Chapuis, Michel Bouvard, Kenneth Gilbert et Christophe Rousset. Parallèlement, il suit des cours à l'université de lettres de Strasbourg et obtient une maîtrise de musicologie en 1989.

En septembre 1989, il est lauréat du Concours international d'orgue de Boulogne-sur-Mer. En mars 1990, il remporte le premier prix…